Az egykori József Attila Tudományegyetem (JATE) Bölcsészettudományi Karán 1993-ban, tehát az akkreditációs eljárások első körében négy A típusú doktori programot engedélyezett az Országos Akkreditációs Bizottság: Elméleti nyelvészet, Összehasonlító és történeti turkológia (ma: Altajisztika), Szláv nyelvtörténet (ma: Történeti szlavisztika), Ugor és szamojéd nyelvek komplex vizsgálata (ma: Uráli nyelvészet) négy professzor vezetése alatt (Kenesei István, Róna-Tas András, H. Tóth Imre és Mikola Tibor). A következő években további programok sikeres akkreditációja is megvalósult: Angol alkalmazott nyelvészet, Francia nyelvészet (ma: Újlatin nyelvészet), Magyar nyelvészet, Német nyelvészet, Orosz nyelvészet. A ma működő Nyelvtudományi Doktori Iskola (NyDI) képzési programjai ezeket a hagyományokat folytatják. A doktori iskola jelenlegi vezetője Németh T. Enikő professzor, az MTA levelező tagja.
            A NyDI fő erősségei a nyelvtudomány történeti, elméleti, leíró, tipológiai és alkalmazott irányainak széleskörű kutatása, valamint az elmúlt évek alatt folytatott posztgraduális oktatás gyakorlati tapasztalatai. Az egyetemi integráció következtében a doktori képzésbe belső tagokként tudtuk bevonni az akkori Juhász Gyula Tanárképző Főiskolai Kar kiemelkedő nyelvész oktatóit is. Ma már oktatóink, sőt programvezetőink között is van nálunk doktorált hajdani hallgatónk. További erősségei a NyDI-nek, hogy 2015-től nemzetközivé tette a képzéseit, valamint programjai mellett nemzetközileg elismert szakmai műhelyek alakultak ki, amelyek közvetlenül bevonják a doktoranduszokat kutatómunkájukba, hazai és nemzetközi pályázataikba vonzóvá téve ezzel a doktori képzést mind hazai, mind nemzetközi viszonylatban. 1997-ben a NyDI egyedülálló módon elindította a Nyelvészeti Doktoranduszok Országos Konferenciáját (LingDok), lehetőséget biztosítva a hazai (és legújabban a határon túli) nyelvészdoktoranduszoknak eredményeik bemutatására és szakmai kapcsolataik kialakítására.
         Számos disszertáció született a NyDI-ben, amelyek jórésze megjelent, több közülük országos pályázat nyerteseként. A PhD-fokozatot megszerzett hallgatóink jelentős része szakmai állásban van Szegeden vagy az ország más felsőfokú intézményeiben (ELTE, Pannon Egyetem, PPKE); illetve a Nyelvtudományi Kutatóközpontban; kapcsolattartásunk velük folyamatos.
        A NyDI küldetése és egyben jövőképe, hogy az elmúlt több mint három évtized jó gyakorlatait és tapasztalatait figyelembe véve folytassa és nemzetközi mércével mérve magas színvonalon tartsa 9 programjában a nyelvtudomány történeti, leíró, tipológiai, elméleti és alkalmazott területein hazai és külföldi doktoranduszainak képzését, fenntartva magas hazai és nemzetközi elismertségét. A doktori iskolában folyó oktatási és kutatási tevékenység naprakészen reagál a kor kihívásaira, területektől függően a társadalmi elvárásokra és igyekszik olyan kutatási témákat biztosítani, amelyek innovatív jellegűek. A doktori iskolában fokozatot szerzett hallgatók a tudományos utánpótlást biztosítják hazai és nemzetközi viszonylatban.