Az egykori József Attila Tudományegyetem (JATE) Bölcsészettudományi Karán 1993-ban, tehát az akkreditációs eljárások első körében négy A típusú doktori programot engedélyezett az Országos Akkreditációs Bizottság: Elméleti nyelvészet, Összehasonlító és történeti turkológia (ma: Altajisztika), Szláv nyelvtörténet (ma: Történeti szlavisztika), Ugor és szamojéd nyelvek komplex vizsgálata (ma: Uráli nyelvészet) négy professzor vezetése alatt (Kenesei István, Róna-Tas András, H. Tóth Imre és Mikola Tibor). A következő években további programok sikeres akkreditációja is megvalósult: Angol alkalmazott nyelvészet, Francia nyelvészet (ma: Újlatin nyelvészet), Magyar nyelvészet, Német nyelvészet, Orosz nyelvészet. A ma működő Nyelvtudományi Doktori Iskola (NyDI) képzési programjai ezeket a hagyományokat folytatják. A doktori iskola jelenlegi vezetője Németh T. Enikő professzor, az MTA levelező tagja.

        A NyDI fő erősségei a nyelvtudomány történeti, elméleti, leíró, tipológiai és alkalmazott irányainak széleskörű kutatása, valamint az elmúlt évek alatt folytatott posztgraduális oktatás gyakorlati tapasztalatai. Az egyetemi integráció következtében a doktori képzésbe belső tagokként tudtuk bevonni az akkori Juhász Gyula Tanárképző Főiskolai Kar kiemel­kedő nyelvész oktatóit is. Ma már oktatóink, sőt programvezetőink között is van nálunk doktorált hajdani hallgatónk.

       A doktori programok mellett tudományos műhelyek alakultak ki, amelyek hazai együtt­működésekben és nemzetközi pályázatok segítségével támogatják a doktoranduszokat a szakmai pályájukra való felkészülésükben. Számos disszertáció született, amelyek csaknem mind megjelentek, több közülük országos pályázat nyerteseként. A PhD fokozatot megszer­zett hallgatóink jelentős része szakmai állás­ban van Szegeden vagy az ország más felsőfokú intézményeiben (ELTE, Pannon Egyetem, PPKE); illetve a Nyelvtudományi Kutatóközpontban; kapcsolattartásunk velük folyamatos.