Bayarma Khabtagaeva 2022 óta a nápolyi L'Orientale Egyetem docense. Korábban a Szegedi Tudományegyetemen dolgozott (2002-2021), ahol 2007-ben summa cum laude PhD, 2019-ben pedig habilitációs címet szerzett. 2012-ben és 2014-ben Állami Eötvös Ösztöndíjjal vendégkutatóként több hónapot töltött a Kelet-ázsiai Tanulmányok Központjában (Western Washington Egyetem, USA), 2008-ban pedig az Ázsiai és Afrikai Tanulmányok Intézetében (Helsinki Egyetem, Finnország). 2018 és 2020 között Humboldt-ösztöndíjjal kutatóként dolgozott a berlini Freie egyetemen (Humboldt Fellowship for experienced researchers). 2022 óta a "Journal of Eurasian linguistics" (Brill: Leiden & Boston) című nemzetközi folyóirat társszerkesztője.

Jelenlegi kutatásai a mongol, török és tunguz nyelvekre, a szibériai nyelvkontaktusokra, valamint a szibériai és kínai veszélyeztetett nyelvek dokumentálására irányulnak. Khabtagaeva terepmunkát végzett a tunguz barguzini ewenkik között 2009-ben Burjátiában, 2017-ben pedig néhány mongol és tunguz beszélővel Belső-Mongóliában.

Három könyvet írt a szibériai nyelvi érintkezésekről: Mongolic elements in Tuvan (Wiesbaden: Harrassowitz, 2009), The Ewenki dialects of Buryatia and their relationship to Khamnigan Mongol (Wiesbaden: Harrassowitz, 2017), Language Contact in Siberia: Turkic, Mongolic, and Tungusic Loanwords in Yeniseian (Leiden & Boston: Brill, 2019). Társszerzője a magyar diákoknak szóló Burját nyelvkönyv-nek (Szeged: University of Szeged, 2011).

Khabtagaeva 2011-ben megkapta az MTA Nyelvtudományi Intézet Herman József Fiatal Kutatói Díját a nemzetközi tudományos és publikációs tevékenységéért.